Phan Đăng Lưu là con trai trưởng trong nhà, lại là người có chí lớn, chỉ lo mải mê học hành. Cha mẹ anh thấy con đã trưởng thành mới tìm mối dựng vợ cho con trai. Nghe lời cha mẹ, Phan Đăng Lưu kết hôn với cô gái tên là Nguyễn Thị Danh, gọi là cô Chín. Trong khoảng thời gian về nghỉ ở quê chờ đợi thời gian đi nhận việc, Phan Đăng Lưu đã giao tiếp với thầy giáo Tăng, một ông giáo làng có lòng yêu nước.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...