Giết chết tên sĩ quan Mĩ Uy-Ly- am, Hồng Nhung tìm về nhà má Tư Đảng. Má vui mừng gặp lại người con gái của đồng đội và ao ước phải chăng thằng con trai của má và Hồng Nhung thành một cặp. Hồng Nhung được má Tư Đảng bí mật đưa tới chiến khu để anh em đưa cô ra vùng giải phóng gặp lại ba Năm Phước. Hồng Nhung gặp lại Dũng- người con trai bác Tư Đảng nay đã trở thành một ngừoi thanh niên cao lớn và mạnh mẽ, can trường. Hai anh em gặp lại nhau vui mừng nhưng ngập ngừng, e thẹn.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...