Ở diến biến trước, nội dung truyện lại dẫn về cô gái ở hiện tại còn mang nặng kí ức về xóm Chùa Cuối, cùng với câu hỏi vì sao bố cô lại bỏ đi? Sự ra đi đột ngột của bố đã khiến phần đời của cô trở nên vô nghĩa. Giờ đây làng xóm đã bị xoá sổ, không dấu vết, chị gái đã lấy chồng bên trời Âu. Cô gặp y nơi bức tường rêu chỗ trú ẩn nỗi đau của cô. Cô muốn lôi y ra một chỗ khác, cô không muốn ai xâm phạm đến nới riêng tư thiêng liêng của mình.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...