Hai người phụ nữ từ bên kia sông sang cắt cỏ thì gặp lũ trẻ chăn trâu bọn Thoảng bàn nhau cướp gánh cỏ cho trâu ăn. Thương lượng không được, năn nỉ không xong cuối cùng phải tranh giành với lũ trẻ dẫn tới bị thương chảy máu ở tay. Thuỳ can ngăn hai người phụ nữ êm xuôi trở về làng. Thoảng sau lần gặp Thuỳ biết được hai anh em nhà Thuỳ thông minh, học giỏi nhưng chỉ tại nhà nghèo nên anh Thuỳ phải nghỉ học đi làm cho thằng em là Thuỷ được học tiếp. Thoảng có ý dăn dạy cu Thoảng nhà mình theo gương...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...