Chuyện gia đình Hiền bị quy là thành phần địa chủ có nợ máu với nhân dân khiến thầy Hiền hận mà bỏ làng đi khai hoang Tây Bắc, chị em Hiên bị xa lánh, thiệt thòi chuyện học hành, khiến Thùy không hiểu vì sao những thế hệ sau dính dáng gì đến những tội lội tỗi, khúc mắc, thù hận mà ông cha đã gây ra ở cái làng này mà phải chịu những hệ lụy như vậy . Trong Thùy đặt ra biết bao câu hỏi không lời giải thích và không biết tâm sự cùng ai . Sao người lớn không tử tế với nhau hơn, bớt thù nghịch nhau...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...