Làng hứng chịu đợt tấn công đầu tiên của giặc Mĩ bằng những tiếng nổ rợn người và những tiếng ù ù như sấm liên hồi. Con trâu của ông Sửu đang cày trên ruộng chưa kịp tháo ách đã giật đổ chiếc cày rồi lồng lên. Thùy đuổi theo giữ lại, may mà dừng được. Thùy bị thương . Băp chân phải Thùy bị rách cớ dăm phân. Đầu, vợ Thỉnh, Hận, Hiền đưa Thùy về trạm xá cứu thương.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...