Lượm và thằng Thúi được thả ra ngoài cùng với hai chục người khác từ Ty An ninh sang. Ra xà lim họ sẽ được ở chung với những người tù khác trong hai ngôi nhà dài ở bên kia sân lao, được gọi là ba-ti- măng một, và ba-ti măng hai. Bất chợt bắt gặp Chỉ huy trưởng mặc bộ bà ba vải nâu, dầm dập, Lượm kéo thằngThúi đi vòng quanh xà lim để tìm hiểu lý do vì sao Chỉ huy lại bị bắt. Nó không để ý tới một toán tù con nít khá đông đang chăm chú nhìn theo hai đứa. Đứa lớn nhất là Lép- sẹo, tên kẻ cắp, du đãng...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...