Từ Huế, cha Quỳnh là ông Tuần Vy, nguyên tuần phủ cũ sai hai người phụ nữ, một mẹ, một o già lên chiến khu xin cho Quỳnh về nhà. Hai người phụ nữ mang theo haim, lá thư. Một lá thư đánh máy của ông gửi Ngài chỉ huy cao cấp Quân đội Việt Minh tỉnh Thừa Thiên xin cho Quỳnh được trở về với gia đình, kèm chút lễ mọn tri ân. Một bức thư viết tay của Mạ gửi cho Quỳnh. Bà cho biết gia đình rất mong Quỳnh về.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...