Trên đường đi dạy học ở Nghi Tàm về, đến làng Yên Hoa, Xuân Hương gặp hai người đàn ông trẻ tuổi , dáng thư sinh hỏi tìm nhà cụ Đồ Diễn. Đó là Nguyễn Tri Tạn một danh sĩ ở Quỳnh Đôi, và Mai Sơn Phủ đồng hương của Tri Tạn. Gặp đồng hương, Xuân Hương nóng lòng muốn biết tin tức của Nguyễn Du nhưng khi nghe tin đình Nguyễn Du đã dọn hết về quê và không trở lại Thăng Long nữa khiến cô động nỗi buồn. Tri Tạn nhanh trí không để cho Xuân Hương nghĩ ngợi niềm riêng, liền gợi lại những kỷ niệm ở Quỳnh Đôi và...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...