Cuộc sống ở xóm nhỏ bỗng xáo trộn bởi sự xuất hiện của đội mật thám và cuộc đổ bộ của quân Pháp. Chúng không chỉ bắt bớ dân lành mà còn nã súng, thả bom oanh tạc xóm nhỏ. Dân chúng trong xóm ly tán. Trong khi má nuôi An sốt ruột nghĩ đến việc xuôi thuyền tản cư, thì Tía nuôi một mực muốn ở lại mảnh đất mới gắn bó có ba tháng.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...