An bất ngờ gặp lại dì Tư Béo tại bờ sông nơi con kỳ đà bị giết. Dì Tư Béo nổi tiếng nhát gan nên lúc nào cũng muốn mua các loại mật để tẩm bổ. Thấy dì Tư rủ An về ở với bà, Cò lo An sẽ nhận lời của dì Tư Béo bèn vội kéo An về. Giặc Pháp mới đến Năm Căn hơn hai tháng mà đã có mấy chục người bị chúng giết hại. Tía nuôi của An lầm lì ít nói và thỉnh thoảng bỏ nhà đi mấy hôm khiến mọi người lo lắng. Ở nhà được vài hôm, tía nuôi của An lại sắm sửa đồ đạc để đi vào rừng.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...