Sau chuyện con Nguyễn Văn Thành có thơ phản nghịch, nhà vua tước mũ áo, cho Thành được ở tại gia.Nhưng tướng Lê Văn Duyệt tố cáo bắt được môn hạ cũ của Thành là Văn Hữu ăn trộm ấn cuả Duyệt, hắn khai là do Thành sai. Vua Gia Long phán đoán đây là chuyện bịa đặt nhưng do Văn Hữu đã khai thế , vì thể diện của triều chính không thể bác bỏ nên ra lệnh đưa Thành vào ngục. Thành không ngờ rằng, Lê Văn Duyệt vì thèm khát quyền lực nên mới bày mưu hại Thành. Còn Đặng Trần Thường do có mẫu thuẫn với Lê Chất...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...