Sau lần lập công diệt được nhiều tên lính và bắt sống tên đại uý Mỹ, nỗi hàm oan của Linh đã được giải. Anh được Phân khu thưởng huân chương chiến công. Linh được gặp lại đồng đội và anh em đồng chí, đặc biệt là Năm Thuý – người con gái mang đến cho anh cảm giác xao xuyến và làm tan biến đi cảm giác lẻ loi, trống vắng bị bỏ rơi những ngày đầu xuống đơn vị.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...