Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn, hoặc là con cháu của bạn tù. Núi vốn là con của một người vợ lẽ và bản thân mẹ cậu nguyên là một người ở trong một gia đình tư sản thời cũ. Cha Núi làm công việc bàn giấy ở trong Cảng từ thời Pháp. Bà cả của cha Núi có 5 người con. Bà hai có bốn người con. Bà ba có một người con...
Thương con chưa đầy năm đã bị mẹ bỏ rơi, Núi ôm con nhỏ lên tận Bắc Giang tìm vợ. Không có chỗ ngủ, hai bố con Núi phải ngủ bờ, ngủ bụi dưới mái hiên,...
Vì con, Núi đành chịu mất đi Hồng, người vợ hiền thảo, sống có trước có sau và quay lại với Mai. Vốn là người sống có tình, Núi bỏ qua chuyện cũ, hết...
Sau một đêm sương gió bên dòng Thương Giang, Mai dọn về ở với Núi, trở thành vợ chồng mà không cưới hỏi. Hai vợ chồng thường xảy ra xích mích vì lối nói...