Núi đưa con về Hải Phòng trong tình trạng con bé bị ỉa chảy mất nước. Được bà tổ trưởng và bà con cùng ngõ giúp đỡ, con gái hắn đã qua cơn nguy kịch. Một mình chăm sóc con cái nhiều nỗi vất vả, khó khăn, Núi không làm ăn, buôn bán được như trước, hắn đành phải quay lại đường giang hồ, trộm cắp để nuôi con. Bị đánh hội đồng và bị bắt nhiều lần, hắn quyết định gửi con về quê ngoại, dự định làm một vài vụ to rồi từ bỏ con đường trộm cắp chuyển sang đi buôn.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...