Khi bố cậu bé Hồng chết, mẹ cậu phải bỏ đi tha hương cầu thực vào Thanh Hóa để kiếm tiền trả nợ, rồi lại mang thai với một người đàn ông và bị họ hàng gán cho cái tội "chưa đoạn tang chồng đã chửa đẻ với người khác". Hồng và em Quế phải ở với bà nội và cô. Xa mẹ, thiếu thốn và tình cảm lẫn vật chất, hai anh em Hồng phải chịu bao đắng cay, tủi hờn bởi sự đối xử bất công giữa anh em cậu và đứa con cô.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...