Sau khi lia đạn vào cái xác chết để thông cống Hải bị tên trung uý toán phó Phan Thái và đồng bọn của hắn bắt sống. Bị Phan Thái tra tấn, dùng những lời lẽ miệt thị Hải vẫn giữ được phong thái của người lính hiên ngang trước cái chết. Không khai thác được gì từ anh tên Quang yêu cầu cho giải lên ban an ninh sư đoàn, nhưng tên toán phó võ biền Phan Thái đòi giữ Hải ở lại để hành sự theo cách của hắn ta.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...