Đang yêu tha thiết Hoàng Lâm, vì nhẹ dạ cả tin, Huyền Trang đã mắc mưu Chiêu - bạn học của Hoàng Lâm để theo hắn vào Sài Gòn. Hận vì không có được tình yêu của bà, tên Chiêu (Tuấn) đã lao vào con đường chống cộng. Cuộc chiến đã xô đẩy Hùng (con trai của bà Huyền Trang và Hoàng Lâm) trở thành lính ngụy. Còn Dung – cô em gái cùng mẹ khác cha với hắn lại trốn nhà đi theo Cách mạng.
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...