Giống như lần trước, ông Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc không muốn ra làm quan. Nhưng nếu khước từ triều đình cũng sẽ chẳng để cho ông yên. Vả lại, nghe theo lời khuyên của Tổng đốc Đào Tấn, vào Huế làm quan sẽ có điều kiện cho anh em Khiêm, Côn học tiếp, ông đã nhận lời. Bịn rịn chia tay chị Thanh, ba cha con lên đường tới kinh thành Huế. Lúc này Côn cũng đã 16 tuổi. Tranh thủ những ngày ông Phó bảng chưa nhận chức, ba cha con ra ngoại thành viếng mộ bà Hoàng Thị Loan trong nỗi buồn tủi, thương nhớ...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...