Dẫu trong lòng rất ngưỡng mộ và kính trọng người bạn cũ Phan Bội Châu nhưng Nguyễn Sinh Sắc vẫn không đồng tình với chủ trương “dựa vào Nhật đánh Pháp” của cụ Phan nên tìm cách tế nhị từ chối lời đề nghị của cụ Phan cho con trai Nguyễn Tất Thành đi theo mình. Ông thực sự vui mừng khi Nguyễn Tất Thành cũng đồng tình với quan điểm của ông.