Người dân bị bắt phải dành một phần ruộng để trồng đay cho Nhật, chính sách tô, thuế, trưng thu lương thực của Nhật ngày càng hà khắc khiến người dân lâm vào cảnh cùng cực. Dân nghèo tứ xứ đổ về làng Mai xin được gánh bùn đổ gốc cam cho ông Hậu ngày càng nhiều. Mùa chăm sóc cam, hàng trăn con người gánh bùn dọc ven sông Thương như chảy hội. Tháng 6/1944 làng Mai xảy ra vụ chết đuối thương tâm, nạn nhân là sáu cô gái người Thái Bình lên làng Mai làm thuê cho nhà ông Hậu. Vì muốn sang bãi cam...
Khi lũ em dạn dĩ với cảnh nhà quê nơi sơ tán thì Núi cũng có một tình yêu. Người yêu của Núi là Hiền – cô giáo dạy mầm non trường làng. Núi quen Hiền...
Sau năm năm sống yên ổn, sang đầu năm 1966, thành phố có lệnh sơ tán khẩn cấp. Gia đình Núi được sẻ làm ba. Anh Ý về ở với cậu em út của mẹ cả bên Thủy...
Tiểu thuyết “ Sóng ở đáy sông” mở ra với nhân vật Núi, một ông chủ nghề mộc đã được mãn hạn tù. 33 người làm của của Núi hoặc đang ở tù, hoặc sắp hết hạn,...